با توجه به کاربرد عمومی سولفات آمونیوم بعنوان کود ازته کشاورزی، آلودگی ویژه اي براي این ماده متصور نمی باشد.

بطور کلی درخصوص کودهاي شیمیایی و تاثیر آلایندگی آنها بر محیط زیست ذکر این نکته حائز اهمیت است که عدم ترویج مصرف صحیح و مناسب کود شیمیایی و مصرف هر چه بیشتر کودهاي شیمیایی، به غلط شیوهاي مطلوب پنداشته شده است که ادامه این روند علاوه بر هزینه هایی که باعث تحمیل بار مالی به تولیدکننده میشود، می تواند منجر به برهم خوردن تعادل اکوسیستم و آلودگی شیمیایی خاك و آب، کاهش حاصلخیزي خاكها و در نهایت کاهش میزان تولید شود. قلیایی و آهکی بودن اکثر خاک هاي کشاورزي کشور و بکارگیري برخی کودهاي شیمیایی مانند اوره که باعث افزایش قلیائیت خاك می گردد، می تواند تاثیر منفی بر محیط زیست داشته باشد. اوره در خاک های قلیایی و آهکی  میتواند دردسر ساز بوده و موجب افزایش بیشتر قلیایت خاک و همچنین مسمومیت به شوری گردد. در صورتی که سولفات آمونیوم برای زمین های قلیایی شرایط خاکی باغات پسته مناسب تر می باشد.کود سولفات آمونیوم بعلت وجود عنصر گوگرد در ساختار شیمیائی خود و در نتیجه تجزیه آن در خاك و ایجاد اسید سولفوریک و همنچنین وجود ازت به فرم آمونیوم، باعث می گردد تا قلیاییت خاك کم شده و تاثیر منفی بر محیط زیست نداشته باشد. لذا این نوع کود نسبت به سایر کودهاي شیمیائی اثرات تخریبی کمتري بر محیط زیست دارد.

ازت خاك از دو منـبع كودهاي آلي و شيميايي تأمين ميگردند. د ر كودهـاي حيواني و كـودهاي سبز نيترات يك آنيون بسيار محلول در آب است كه بوسـيله خاك جذب نشده  و براحتي ميـ تواند بطرف ريشه ها حركت كند و يا بوسيله آبشويي از دسترس گياه خارج شود. اوره نيز متحرك و علي رغم جذب آسان ميتواند با آبشويي از دسترس خارج شود. بنابراین آبشویی نیترات و اوره درون خاک می تواند موجب آلودگی منابع آبی بخصوص آب های زیر سطحی گردد. اما آمونيوم بار مثبت دارد و مثل ساير كاتيون ها جذب ذرات خاك مي شود و از اينرو تحرك ، آبشويي و در نتیجه اتلاف و هدر رفت آن محـدود است.